1、国家卫生健康委员会：作为国家卫生行政部门，国家卫生健康委员会负责对中医针灸师证办理机构进行监管和管理，中医针灸师证办理机构需要在国家卫生健康委员会进行备案，以确保其合法合规运营。

2、省级卫生健康委员会：各省级卫生健康委员会是地方卫生行政部门，负责对本地区的中医针灸师证办理机构进行监管和管理，中医针灸师证办理机构需要在所在省级卫生健康委员会进行备案，以符合地方卫生行政部门的要求。

3、中医药管理部门：中医药管理部门是专门负责中医药行业的管理和监督的部门，中医针灸师证办理机构需要在中医药管理部门进行备案，以确保其符合中医药行业的规定和标准。

4、行业协会：中医针灸师证办理机构还可以选择在相关的行业协会进行备案，行业协会可以提供专业的指导和支持，帮助中医针灸师证办理机构提升服务质量和管理水平。

5、地方政府相关部门：中医针灸师证办理机构还需要在地方政府相关部门进行备案，地方政府相关部门可以根据本地区的实际情况，对中医针灸师证办理机构进行监管和管理，确保其符合地方政策和法规要求。

6、专业认证机构：中医针灸师证办理机构还可以选择在专业认证机构进行备案，专业认证机构可以对中医针灸师证办理机构的资质和能力进行评估和认证，提高其信誉和竞争力。

7、其他相关机构：根据中医针灸师证办理机构的具体业务和需求，还可以选择在其他相关机构进行备案，如果中医针灸师证办理机构涉及到医疗美容领域，可以选择在医疗美容协会进行备案；如果涉及到国际交流与合作，可以选择在国际组织进行备案等。

中医针灸师证办理机构需要在不同层级的政府部门、行业协会、专业认证机构和其他相关机构进行备案，以确保其合法合规运营，并得到相应的支持和指导，中医针灸师证办理机构还应遵守相关法律法规和行业规范，不断提升自身的专业水平和服务质量，为患者提供安全、有效的中医针灸服务。