说到膀胱结核的治疗，其实与肾结核的治疗相差不多，主要还是以药物为主。但是，也有很多患者选择做手术治疗，效果并不比药物治疗差。这就让很多膀胱结核患者犯了难，到底是选择药物治疗还是手术治疗好呢？
1、药物治疗
目前有临床应用价值的药物较多，但以异烟肼、链霉素、对氨水杨酸的疗效较好，毒性较小，被称为第一线药物。其他如氨硫脲(thiosemicarbazide)吡嗪酰胺(pyrazinamide)、卡那霉素(kanamycin)、环丝氨酸(cycloserine)、紫霉素(viomycin)等，这些药物效果不及第一线药物，毒性亦较大，仅在结核菌对第一线药物产生抗药性时方始采用，故称为第二线药物。利福平(Rifampicin)、乙胺丁醇(Ethambutol)系较新的药物，由于其疗效较高，毒性较小，近年来已倾向于取代对氨水杨酸而列为第一线药物。
2、手术治疗
有效的药物治疗，使手术治疗的地位有所改变，以往许多必须进行手术治疗的病例现在可通过非手术疗法。但是Fischer的一项回顾性研究发现，即使经过平均9个月的抗结核治疗，仍有52%的外科标本可见到新鲜的结核病变。因此，外科手术仍有着重要的地位。至于手术时机问题，比较公认的是正规抗结核治疗4～6周后进行。手术方式也多种多样，从Gow 1981年统计的资料看，在所有术式中，切除性手术逐渐减少，重建手术相应增多。手术方式根据病肾破坏情况可考虑：病灶清除术、肾部分切除术、肾切除术等。不论采用何种手术，术后仍应继续用药，参照前述标准停药。
