中医针灸理疗师证书是由国家卫生健康委员会颁发的，这是目前公认的最具权威性和公信力的证书，不同的部门发证的质量和认可度可能会有所不同，以下是一些常见的发证部门及其特点：

1、国家卫生健康委员会：作为国家最高卫生行政部门，国家卫生健康委员会颁发的中医针灸理疗师证书具有最高的权威性和公信力，该证书在全国范围内通用，被广泛认可，是从事中医针灸理疗工作的基本要求。

2、省级卫生健康委员会：各省级卫生健康委员会也可以颁发中医针灸理疗师证书，其权威性和认可度相对较低，这些证书通常只能在本省内使用，对于跨省就业或执业可能会有限制。

3、中医药管理部门：中医药管理部门也可以颁发中医针灸理疗师证书，其权威性和认可度与省级卫生健康委员会相当，这些证书通常只能在本省或本地区内使用，对于跨省就业或执业可能会有限制。

4、专业培训机构：一些专业的中医针灸培训机构也可以颁发中医针灸理疗师证书，但其权威性和认可度较低，这些证书通常只在培训机构内部或与其合作的医疗机构内使用，对于其他机构的认可度有限。

在选择发证部门时，需要考虑以下几个因素：

1、权威性和认可度：选择具有较高权威性和认可度的发证部门，可以提高证书的可信度和竞争力。

2、地域限制：如果计划在特定地区就业或执业，可以选择该地区的卫生健康委员会或中医药管理部门颁发的证书，以获得更好的认可度。

3、培训质量：选择有良好口碑和专业水平的培训机构，可以获得更全面、系统的培训，提高自己的专业技能和知识水平。

4、就业需求：根据个人的职业规划和就业需求，选择适合自己的发证部门，如果计划在大型医疗机构就业，可以选择国家卫生健康委员会颁发的证书；如果计划在社区医疗机构或个体诊所执业，可以选择省级或市级卫生健康委员会颁发的证书。

选择中医针灸理疗师证书的发证部门需要综合考虑权威性、认可度、地域限制、培训质量和就业需求等因素，无论选择哪个部门发证，都需要通过系统的学习和培训，掌握中医针灸理疗的理论知识和实践技能，才能成为一名合格的中医针灸理疗师。