中医针灸师证办理机构有很多，以下是一些常见的机构：

1、中国中医科学院针灸研究所：该研究所是中国中医科学院下属的专门从事针灸研究工作的机构，也是国家中医药管理局指定的全国针灸医师资格认证考试的报名点之一。

2、各省市中医药管理局：各省市中医药管理局也会设立相关的考试中心或报名点，负责本地区的中医针灸师证书办理工作。

3、一些专业的培训机构：一些专业的培训机构也会提供中医针灸师证书培训课程和考试辅导服务，帮助学员顺利通过考试并获得证书。

4、在线教育平台：随着互联网技术的发展，一些在线教育平台也开始提供中医针灸师证书培训课程和服务，方便学员随时随地进行学习。

需要注意的是，不同的机构可能提供的服务和收费标准也会有所不同，建议在选择时仔细比较和考虑自己的实际情况和需求，也需要确保所选机构具备合法资质和良好声誉，以保障自己的权益和职业发展。